Sevgili arkadaşım hem de pek çok var.... üniversite hocalarının ve öğencilerinin tez makale vb yazarken kullandığı pek çok program mevcut....

1- bence en iyilerden biri isisdraw (MDL) iyi bunu google'da isisdraw olarak aratıp bulursan bir de üye olursan bedavaya bilgisayarına indirebilirsin....
2- bir çok kişiye göre en iyi en kullanışlı vb Chemsketch programıdır.... ücretli sürümü de var ama freeware olan da işini görür... onu da google da bu isimle arat....
3- çok eski chem wind var ama sadece lise çağı genç kardeşlere hitap edebilir..